Nadat je het SEPA bestand definitief hebt gemaakt (en tijdelijk hebt opgeslagen op je computer) moet je het zelf nog 'versturen' naar je bank en het daar ook autoriseren.
De meeste banken hebben in hun Internetbankieren website een functie om het bestand te 'Uploaden'. Nadat je het betaalbestand hebt geüpload, wordt door de bank bekeken of het verwerkt kan worden. Als alles goed gaat krijg je de vraag om met een code of wachtwoord de definitieve verwerking door de bank goed te keuren.
Lukt het om de een of andere reden niet om het bestand te laten verwerken door de bank dan kun je het overzicht met de aangemaakte concept en definitieve betaalbestanden ('Historie') openen. Verwijder hier het SEPA betaalbestand zodat de facturen weer de status 'Betaalbaar gesteld' krijgen.
Voor een uitgebreide beschrijving van het gebruik van een SEPA betaalbestand zie artikel Betaallijst facturen betalen via SEPA betaalbestand.